سودان بلک B به دلیل حلالیت بالا در لیپیدها نسبت به حلالهای آلی، به طور انتخابی لیپیدها را رنگ آبی-سیاه میکند. در آزمایشگاههای پاتولوژی و هماتولوژی برای تشخیص افتراقی لوسمیهای حاد (AML مثبت در مقابل ALL منفی)، رنگآمیزی گرانولهای نوتروفیلها، ائوزینوفیلها و مونوسیتها، و شناسایی لیپیدها در بافتهای فریز شده کاربرد دارد. در هیستوشیمی برای نمایش تریگلیسیریدهای خنثی، فسفولیپیدها، استرولها و لیپوپروتئینها در مقاطع بافتی استفاده میشود. در تحقیقات بیوشیمیایی و میکروبیولوژی برای رنگآمیزی چربیهای داخلسلولی باکتریها، قطرات لیپیدی و حتی کاهش autofluorescence در اسکافولدهای پلیمری به کار میرود. این رنگ جایگزین مناسبی برای myeloperoxidase در مواردی است که نمونه قدیمی باشد، زیرا روی اسمیرهای قدیمیتر نیز مؤثر است. همچنین در مطالعات سلولی برای بررسی ذخیرهسازی لیپید و متابولیسم چربی کاربرد تحقیقاتی دارد.