این رنگ آلی در آزمایشگاههای شیمی تجزیه به عنوان شاخص pH و رنگآمیزی نمونهها کاربرد دارد. ایندیگو کارمین در برخی تیتراسیونها، مانند تیتراسیون اسید-باز، برای مشاهده تغییر رنگ محلول در نقطه پایان استفاده میشود. در پزشکی، از این ماده برای رنگآمیزی و بررسی عملکرد کلیه و سیستم ادراری بهره میبرند و به عنوان داروی تشخیصی برای بررسی عبور ادرار و نفوذپذیری سیستم ادراری کاربرد دارد.