این رنگ برای رنگآمیزی بافتها در میکروسکوپی و تحلیلهای بیوشیمیایی، همچنین در الکتروفورز پروتئین (به عنوان رنگبندی ژل) کاربرد دارد. اورنج جی بهخوبی با بافتها و مولکولهای پروتئینی تعامل میکند و تغییر رنگ آن میتواند به عنوان شاخص بصری برای تعیین حضور یا غلظت برخی ترکیبات استفاده شود. در شیمی تحلیلی، میتواند به عنوان معرف برای شناسایی و تمایز یونها یا ترکیبات خاص به کار رود.