آلسین بلو بهطور گسترده در بافتشناسی و آسیبشناسی برای تشخیص ترکیبات اسیدی مانند موکوسها، موکوپلیساکاریدها و گلیکوزآمینوگلیکانها به کار میرود. این رنگ با گروههای سولفات و کربوکسیل موجود در این ترکیبات واکنش داده و رنگ آبی مشخصی ایجاد میکند. آلسین بلو در رنگآمیزیهای تشخیصی دستگاه گوارش، مجاری تنفسی و بررسی بیماریهای مرتبط با ترشح موکوس نقش کلیدی دارد. همچنین در آزمایشگاههای تحقیقاتی و بیوشیمی برای مطالعات ساختاری و بررسی ترکیبات کربوهیدراتی استفاده میشود.