فرمالین به دلیل خاصیت آلکیلهکننده قوی فرمالدئید، توانایی ثابتکردن پروتئینها و جلوگیری از فساد بافتها را دارد و یکی از پرکاربردترین مواد نگهدارنده در علوم زیستی است. در آزمایشگاهها به عنوان فیکساتیو اصلی در بافتشناسی، پاتولوژی و آناتومی برای حفظ نمونههای بافتی، جنینها و اندامها، نگهدارنده نمونههای بیولوژیکی و ضدعفونی سطوح و تجهیزات به کار میرود. در صنعت برای تولید رزینهای اوره-فرمالدئید و فنول-فرمالدئید (چسب چوب، تختهخرده، عایقها)، مواد ضدعفونیکننده کشاورزی، تولید پارچههای ضدچروک و به عنوان ماده اولیه در سنتز بسیاری از ترکیبات شیمیایی کاربرد دارد. در داروسازی برای تولید برخی واکسنها (غیرفعالسازی ویروسها)، داروهای ضدقارچ و نگهدارنده در برخی فرمولاسیونها استفاده میشود. در تحقیقات علمی به ویژه در زیستشناسی، پزشکی و علوم پایه برای ثابتکردن نمونهها قبل از رنگآمیزی و میکروسکوپی ضروری است. همچنین در تمیزکاری و ضدعفونی محیطهای بیمارستانی، آزمایشگاهی و کشتارگاهی به عنوان گندزدا و ضدعفونیکننده قوی سطوح مؤثر است (با احتیاط شدید به دلیل سمیت و سرطانزایی شناختهشده فرمالدئید).