آمونیوم هپتا مولیبدات به دلیل حلالیت خوب در آب و پایداری بالا، یکی از مهمترین منابع مولیبدن در کاربردهای آزمایشگاهی و صنعتی است. در آزمایشگاهها عمدتاً به عنوان معرف اصلی در تست کمی و کیفی فسفات (تشکیل کمپلکس زرد یا آبی مولیبدوفسفات) و همچنین تعیین آرسنات، سیلیکات و سرب به کار میرود. در آنالیز آب، خاک و مواد غذایی برای اندازهگیری دقیق فسفر استفاده میشود. در صنعت به عنوان ماده اولیه تولید مولیبدن فلزی، اکسید مولیبدن، کاتالیزورهای هیدروکراکینگ و هیدرودسولفوریزاسیون در پالایش نفت، رنگدانههای مقاوم به حرارت و بازدارنده خوردگی کاربرد دارد. در تحقیقات شیمیایی و متالورژی برای سنتز نانومواد مولیبدندار، کاتالیزورهای جدید و مطالعات کئوردیناسیون فلزات سنگین استفاده میشود. همچنین در برخی فرمولاسیونهای کودهای حاوی مولیبدن ریزمغذی (به دلیل نقش مولیبدن در تثبیت نیتروژن گیاهی) به کار میرود، هرچند کاربرد تمیزکاری آن بسیار محدود است.